Neon Genesis Evangelion

La historia comienza 14 años después del frustrado Tercer Impacto. Las unidades Evangelion 02' y 08, pilotadas por Asuka Langley Shikinami y Mari Illustrious Makinami, despegan para realizar una misión de recuperación de un gigantesco contenedor cruciforme en órbita sobre la Tierra, en el que se encuentra la unidad 01, que fue sellada con Shinji Ikari en su interior desde el casi realizado Tercer Impacto. Sin embargo, antes de poder recuperarlo, son atacados por la Nemesis Series, un grupo de veloces drones orgánicos que acosan al dúo. Aunque Mari logra repelerlos, uno de ellos se revela oculto dentro del contenedor, y aleja a Asuka del mismo. Cuando ésta, desesperada, grita a Shinji que haga algo, la unidad 01 despierta y destruye aparentemente al ángel con una brillante onda de energía a través de una abertura en el contenedor. La unidad 02' y el contenedor caen a Tierra, donde Kaworu Nagisa observa el aterrizaje.Los Evangelions vuelven a una enorme nave situada en aguas polares, el AAA Wunder, donde Ikari es rescatado de la Unidad 01. Una vez su identidad y memoria han sido confirmadas, es informado de los acontecimientos de los últimos años: el personal de NERV, excepto Gendo Ikari y Kozo Fuyutsuki, abandonó la agencia bajo el mando de Misato Katsuragi y fundó WILLE, otra entidad dedicada a prevenir futuros eventos como el Tercer Impacto que Ikari casi
provocó en su intento de rescatar a Rei Ayanami; mientras que Asuka y Mari, a quienes la exposición al LCL ha mantenido con su antigua edad biológica, también pasaron a formar parte de esta agrupación. Rechazado por todos sus antiguos compañeros, Shinji es tratado como un criminal de guerra y se le es colocado un collar DSS, el cual causará su muerte si pilotea un EVA y causa un nuevo Impacto. Más Nemesis atacan la nave, pero la Unidad 01 es conectada a su núcleo como fuente de energía y la flota de WILLE abre fuego contra ellos, destruyéndolos. Sin embargo, la Unidad Mark.09 ataca la nave de improviso e insta a Shinji a huir con ella. Ikari, tras escuchar la voz de Rei Ayanami desde dentro del EVA, accede a ir. Misato trata de detenerle, pero Shinji, harto del desprecio con el que había sido recibido, la ignora y se sube al Evangelion. Mari dispara al Evangelion con una pistola de gran potencia, pero éste se regenera y continua con la fuga, y Misato se muestra incapaz de activar el collar DSS para acabar con Shinji.Después llegar a la nueva sede de NERV, en una devastada Tokio-3, Gendo recibe a Shinji y lo instruye a su nueva tarea de pilotar el nuevo Evangelion 13. Shinji recupera la vitalidad al saber de la presencia de Rei y conoce a Kaworu Nagisa en un dueto de piano. Sin embargo, al enterarse por Fuyutsuki que Rei es realmente un clon de su madre —y ni siquiera la misma persona que la que él intentaba salvar— y de que el simulacro de Tercer Impacto que arrasó el mundo fue causado por él, cae en una depresión. Ante ello, Kaworu le quita el collar y se lo coloca él mismo, y le propone una solución: usar la Unidad 13 junto con la lanza de Longinus y la lanza de Cassius para, según dice, rehacer la historia y evitar la catástrofe. Por ello, la Unidad 13, con Shinji y Kaworu a bordo y escoltada por Rei en la unidad Mark.9, llega a la Terminal Dogma, donde encuentran a Lilith decapitada y en estado de descomposición, y a su lado el abandonado Evangelion Mark.06, con dos lanzas clavadas. De repente, la flota de WILLE llega y Mari y Asuka irrumpen en sus EVAs en el lugar, siendo repelidas por Shinji. Pero Kaworu advierte que las lanzas no son las que parecían ser, y junto a Asuka conmina a Shinji a no cogerlas, pero éste las extrae sin escucharle. Sin las lanzas, el cuerpo de Lilith se colapsa y de la unidad Mark.06 surge el Duodécimo Ángel, que es liberado por Rei decapitando la cabeza del EVA. El ángel toma la forma de un embrión gigante y se lanza a sí mismo hacia la boca del EVA para ser absorbido y finalizar la iniciación del Cuarto Impacto, como SEELE planeaba desde un principio. Gendo comienza a desactivar los monolitos de SEELE en preparación para el Impacto, mientras ellos le felicitan y se encomiendan al nuevo futuro.Mientras el Evangelion 13 se eleva hacia los cielos, Kaworu se revela como una encarnación de Adán, el Primer Ángel, y ocupa el puesto del Decimotercer Ángel en un intento de revertir el Cuarto Impacto. Por su cuenta, WILLE trata de impedir la catástrofe, pero la unidad Mark.09 pasa a ser por sí misma un "contenedor de Adán", sin control de Rei, y se hace con el control del AAA Wunder infectando sus estructuras. Asuka llega en auxilio de la nave y entra en el Modo Bestia de su Evangelion con el código 777, pero el tiempo se agota, y utiliza la autodestrucción de la unidad 02' como último recurso para destruir ambos EVAs. Rei y ella sobreviven en sus entry plugs. Entre tanto, Kaworu se sacrifica para detener el Cuarto Impacto, mientras Shinji contempla impotente cómo el collar se activa ante el poder de Kaworu y acaba con él. Mari libera el entry plug de Shinji, diciendo que "vaya a conocer el mundo un poco". El Evangelion 13 cae de nuevo a tierra, y tanto las fuerzas de Misato como las de Gendo se retiran. Un tiempo indeterminado más tarde, Asuka encuentra a Shinji, quien se recoge en sí mismo y se niega a interactuar con el mundo, pero Asuka le saca de la cápsula y se lo lleva a rastras por un desierto rojo, con Rei siguiéndoles, hacia "donde están los Lilim".

Los técnicos de NERV preparan la defensa, aún sin pilotos. Más tarde los chicos llegan a Central Dogma para subirse a sus respectivas unidades Evangelion.
A pesar de todas las contrariedades, Shinji, Rei, y Asuka se filtran por los ductos de aire para así poder atacar al Ángel; ya que éste intentaba penetrar a Geofront por medio de una especie de ácido corrosivo.
Es la primera misión donde se ven involucradas las tres unidades Evangelionconjuntamente, se logra destruir por fin a Matarael.

después de que Asuka efectúa un ataque rápido con el Eva 02, el enemigo se divide en dos partes iguales haciendo mucho más difícil la labor de destruirlo.
Misato se da cuenta de que el único modo de destruir a Israfel es atacando a las dos partes en las cuales se dividió éste Ángel al mismo tiempo. Para llevar a cabo esta tarea los dos pilotos se someten a un muy arduo entrenamiento para tener una coordinación perfecta entre ellos.
Una vez adquirida esta habilidad logran derrotar a éste Ángel por medio de una maniobra

Kaji es un ex novio de Misato, ellos se conocen desde que estudiaban juntos en la universidad. Por su parte Asuka es una joven muy inteligente, pero con una personalidad ególatra y arrogante.
Se produce el ataque del sexto Ángel y para defenderse activan a la unidad Evangelion 02.
Con la ayuda de Misato, Shinji y Asuka se suben al Eva 02 para luchar contra Gagiel.
Después de una no muy compleja batalla logran salir victoriosos.